在氣相色譜儀分析中，基線問題是氣相色譜儀常見的維護熱點。基線問題主要包括三個方面：基線噪聲大；出現躍遷、雜峰等；有規律/無規律波動等。一方面，基線噪聲的大小、基線位置可以反映儀器的工作狀態是否正常；另一方面，基線的雜峰、波動可能會干擾正常的樣品分析和定性定量；再一方面，良好的基線狀態意味著儀器系統的穩定性和分析的品質，比如更低的方法檢出限等。因此需要正視氣相色譜儀器的基線問題，積極排查和解決問題。

引起氣相色譜儀器基線問題的原因多種多樣，在日常的使用中，首先，應當從合格和可靠的供應商獲取儀器耗材，如鋼瓶氣、進樣墊、襯管等；其次，應當做好耗材的日常維護，包括氣體凈化裝置（除水、除氧和除烴裝置）、進樣口進樣墊（進樣隔墊、注射墊）、襯管、O型圈、分流部件（分流平板、毛細柱適配器）、分流捕集阱等的清洗和更換；再則，應當做好色譜柱的老化、FID檢測器噴嘴與收集極的清洗，ECD的高溫老化等部件維護；再次，應當按照儀器使用說明書正確設置和操作儀器；最后，還應當注意實驗室環境應當符合儀器的安裝使用要求。

然而，實際的情況是，即使注意到了以上方面，基線問題在很多情況下仍然是困擾實驗室分析人員的一大難題。